В 1998 году она была реорганизована в муниципальное общеобразовательное учреждение «Кадетская школа № 46 Пензенский казачий генерала Слепцова кадетский корпус».Пензенский казачий отдел образован официально в 1991 году. Это стало возможным в связи с распадом СССР и изменением политического курса страны. С первых дней существования перед отделом встал вопрос, а кому мы собственно передадим наши традиции, обычаи и т.п. Ведь геноцид казачества в гражданскую войну, а затем 70- летнее забвение дали свои результаты и наши дети уже не помнили своих корней. Решением этого вопроса стало образование в 1993 году Пензенской воскресной казачьей школы, чисто ведомственного учреждения, в которой занимались исключительно дети казаков, преподавателями и воспитателями стали тоже казаки.
Первоначально в школе занималось 8 человек, но отдел в то время был небольшим. Изучались в школе история и традиции казачества, начальная военная подготовка, физическая подготовка. Кроме того, воскресная школа активно включалась в различные мероприятия, проводимые отделом, городом, принимала участие в восстановлении храмов города Пензы. Школа быстро стала набирать популярность, росло количество детей, нам уже стало тесно в стенах штаба отдела. В это же время в стране начало набирать силу, движение за возрождение кадетского образования в России.
В августе 1998 года средняя общеобразовательная школа № 46 реорганизуется в муниципальное общеобразовательное учреждение «Кадетская школа № 46 Пензенский казачий генерала Слепцова кадетский корпус». Учредителями школы стали Управление Образования города Пензы и Пензенский отдел Волжского войскового казачьего общества.